Un día, Francisco se encontró con un leproso en el camino. Aunque sentía un gran temor hacia esta enfermedad, decidió acercarse al hombre, abrazarlo y ayudarlo. Más tarde diría que aquello que antes le resultaba amargo se convirtió en dulzura para su alma.
Poco después, mientras rezaba ante el crucifijo de la iglesia de San Damián, escuchó una voz que le decía: “Francisco, repara mi Iglesia”. Desde entonces comenzó un camino de conversión que transformaría completamente su vida y la vida de la iglesia.