En el año 1202, Francisco participó en la batalla de Collestrada, un enfrentamiento entre las ciudades de Asís y Perugia. La derrota de los asisianos provocó que muchos combatientes fueran capturados, entre ellos Francisco.
Durante cerca de un año permaneció prisionero. Esta experiencia de sufrimiento y privación le hizo reflexionar profundamente sobre su vida. La prisión fue uno de los primeros acontecimientos que lo llevaron a cuestionar sus antiguas aspiraciones de riqueza y gloria.