En la actualidad, el Convento de San Francisco de Santiago de Compostela mantiene viva la misión franciscana de servicio, evangelización y ayuda a los más necesitados. A través del Centro Cultural-Social Juan XXIII, los franciscanos desarrollan numerosos proyectos educativos y de acción social dirigidos a personas y colectivos que sufren situaciones de pobreza o exclusión. Su labor se basa en la defensa de la dignidad humana, la solidaridad y el acompañamiento de quienes atraviesan dificultades económicas o sociales. Además, organizan cursos de formación laboral, actividades educativas y programas de integración para favorecer la inclusión y la mejora de las condiciones de vida de muchas personas.
Junto a esta labor social, el convento continúa siendo un importante centro de vida religiosa. La Iglesia Conventual de San Francisco acoge celebraciones litúrgicas, actividades de catequesis para niños y jóvenes, el grupo scout Tau, encuentros formativos y espacios de oración para la comunidad cristiana. De este modo, los franciscanos siguen transmitiendo el mensaje de San Francisco de Asís, promoviendo valores como la fraternidad, la sencillez, la paz y el amor a Dios y al prójimo.
Otro aspecto destacado de su trabajo es la atención a las personas más vulnerables mediante el Albergue Juan XXIII, obra social de los franciscanos. Este servicio ofrece acogida, alojamiento temporal, higiene, alimentación, ropero y apoyo humano a personas sin recursos, además de facilitar actividades formativas que favorecen su integración social. Gracias a estas iniciativas, el convento continúa siendo, más de ochocientos años después de su fundación, un referente de ayuda, hospitalidad y compromiso con los más necesitados en la ciudad de Santiago de Compostela.