En los últimos años de su vida, San Francisco de Asís buscó con mayor intensidad la oración y la unión con Cristo. En el año 1224 se retiró al monte Alverna, un lugar solitario y apartado, para dedicar a la penitencia y la contemplación. Durante ese tiempo meditaba especialmente sobre la pasión y el sufrimiento de Jesús, deseando amarle y seguirle cada vez más de cerca. Francisco recibió una visión extraordinaria de un serafín crucificado que se apareció ante él envuelto en una gran luz.

Después de esta experiencia mística, aparecieron en su cuerpo las señales de la pasión de Cristo: heridas en las manos, en los pies y en el costado, semejantes a las llagas de Jesús en la cruz. Este acontecimiento, conocido como la estigmatización, fue considerado por sus hermanos como un signo de la profunda identificación de Francisco con Cristo. Él no buscó fama ni reconocimiento por este hecho; al contrario, intentó ocultar las heridas y continuó viviendo con humildad y sencillez.